Jalur Alih Jenjang merupakan program yang dikhususkan bagi mahasiswa yang ingin melakukan studi lanjut. Program ini dikhususkan bagi lulusan yang memiliki jurusan yang relevan dengan jurusan yang akan diambil. Jumlah mata kuliah tambahan yang ditempuh ditentukan oleh masing-masing Kepala Program Studi. Program ini dibuka bagi mahasiswa internal lulusan Politeknik LPP Yogyakarta dan mahasiswa eksternal dari kampus lain dengan syarat Indeks Prestasi Kumulatif (IPK) minimal 3,0. Mahasiswa yang ingin melanjutkan studi lanjut wajib mengikuti serangkaian Tes Potensi Akademik (TPA) serta wawancara jika diperlukan untuk penyesuaian mata kuliah yang akan ditempuh.